​לשכת הבריאות אילת, כמו יתר לשכות הבריאות בארץ, שייכת לשירותי בריאות הציבור. מטרת הלשכות היא ליישם את המדיניות של בריאות הציבור בשטח מול האוכלוסייה בתחומים: בריאות הסביבה (כגון פיקוח תברואי על מסעדות, בריכות שחיה, חופי רחצה ומוסדות חינוך), פיקוח על מזון (המיובא מחו"ל או המיוצר בארץ), אפידמיולוגיה (כגון חקירה וטיפול בהתפרצויות של מחלות ברמה המקומית והארצית), אם וילד, קידום בריאות ועוד. כמו כן, לשכת הבריאות מהווה "משרד בריאות קטן" ולפיכך היא כוללת מחלקות מתחומים שאינם שייכים לשירותי בריאות הציבור כגון: רוקחות, רפואת שיניים, גריאטריה, פסיכיאטריה ומכשירי שיקום וניידות. מחלקות אלו מטרתן לפקח ולבקר את המוסדות השונים בתחומם וכן לתת שירות לאזרח על פי המדיניות הנקבעת במטה המשרד. לשכת הבריאות נפת אילת משרתת את תושבי העיר אילת ותושבי המועצה האזורית חבל אילות.